Klídek, jde o defragmentaci souborů, ne disku který je z 99% zaplněn :) Takže bez nějakého nízkoúrovňového nástroje se dá obejít, tohle není FAT.
Pomocí běžných příkazů fs zjistíte fragmentaci a pomocí rsync to s největší pravděpodobností (nemáte plný disk) defragmentujete (protože jakýsi výchozí stav je u ne FAT systémů "nefragmentováno", že).
Názor k článku
Defragmentace disků v Linuxu
