Samozřejmě většina FS vykazuje fragmentaci, a ty zbylé mají různé zásadní nevýhody (napříkad fixní velikost souboru, tam pak fragmentace není).
Linkovaný článek je postavený na zastaralých informacích. Například kopie prvního bloku se v půjce partition nacházela naposledy na NT 3.51, defragmentace po 16 blocích byla naposledy ve Windows 2000 (s odůvodněním, že tak malá fragmentace nemá vliv na výkon). Defragmentace swapu není problém, protože swap zůstává na své minimální velikosti, dokud nenastane nedostatek paměti. Ta minimální velikost zůstává trvale nefragmentovaná, zbytek nemá smysl defragmentovat (existuje jen krátkodobě).
Ano, na unixech je lepší nedefragmentovat, protože pro to zpravidla chybí nástroje. Tradičním způsobem defragu je pak vysypat disk na pásku (raději na 3 pásky), znovu vytvořit FS, a provést restore. Ve Windows naštěstí umíme defragmentaci na přimontovaném FS, a nyní i s nízkou prioritou I/O operací (neruší ostatní diskový provoz).
Poškozený FS opraví chkdsk. Pokud jména obsahují otazníky, jde o názvy obsahující Unicode znaky, a vy používáte aplikaci, která neumí Unicode (třeba Total Commander, psaný pro Windows 9x). Zkuste Windows Explorer, nebo jakýkoliv jiný nástroj, který nepsala prasata.
Proč je NTFS dobrý FS? Viz
http://www.root.cz/clanky/defragmentace-disku-v-linuxu/nazory/182761/

