Máte špatné informace. Fragmentace MFT nastane až když je partition prakticky plná, a to už je výkon stejně v háji. Windows XP a vyšší umí defragmentovat MFT, ve Windows 2000 to uměly nástroje typu Diskeeper (ovšem jen na odmountovaném volume).
http://support.microsoft.com/kb/227463
http://support.microsoft.com/kb/174619
http://www.amosdec.com/pdf/DIVERS/DSKvsW2000defrager.pdf
Názor k článku
Defragmentace disků v Linuxu
