Tento problém jsem měl akorát s CD/DVD a FAT flashkami, soubory na NTFS discích se mi při mountování přes ntfs-3g zobrazí s českými znaky v pořádku.
Problém jsem vyřešil (na Archlinuxu) trochou RTFM: mountuji CD/DVD a flashky s parametrem -o utf8 (dopsal jsem to i do /etc/fstab). Systém totiž předtím názvy souborů automaticky převrtěl do ISO-8859-1, což zmařilo kódování.

