Nemáš úplně pravdu. FLV můžeš přehrávat ve VLC (a dalších free přehrávačích), pokud má kompresi obrazu FLV1 a zvuk MP3 (nebo jiný standardní formát). Ale zaprvé existují videa s nějakou podivnou kompresí zvuku, kterou nic jinýho než Flash nepřehraje a Flash 8 používá pro video kompresi VP6 (od firmy On2). VP6 samozřejmě na Linuxu jen tak nepřehraješ. Ukažte mi někde specifikaci VP6 kodeku? No, čekám....
Poslední dobou by se to ale mohlo změnit, protože nějaký člověk (podle On2 ukradl zdrojáky) dekompiloval javový přehrávač VP6 a zveřejnil pod GPL VP6 dekoder. Po zaslání výhrůžného dopisu od On2 ho ale sourceforge a plno dalších stránek stáhlo.
Ale tenhle dekoder je už například zabudovaný v přehrávači MPC (uřivatelé Woken ho určitě znají) a existuje pro Windows i DirectShow FLV splitter a VP6 dekoder. Udělat linuxový verze by asi nebylo až tak složitý.
Možná nějaká vývojová verze MPlayeru nebo FFMPEGu už má také tenhle VP6 dekoder zabudovaný. Můžete si třeba zkusit přehrát tohle: http://www.ivankukamarade.cz/jak-jsme-startovali-novy-web.html. Jeto FLV s VP6 kompresí obrazu a MP3 kompresí zvuku.

