Je bohužel docela příznačné, že jste použil obecný pojem "program" a nikoli "virus" nebo jiný výraz, který označuje nějaký typ škodlivého kódu či aplikace. Ono to totiž platí i pro běžné užitečné aplikace, jejichž autoři (nebo ti, kdo připravují buildy a balíčky) se s tou různorodostí musí rovněž složitě vyrovnávat.
Tato roztříštěnost nepochybně k bezpečnosti Linuxu obecně přispívá, ale je to jen side effect (byť poměrně výrazný) uživatelsky spíše negativního jevu. Osobně bych řekl, že Linux se o toto opírá v otázkách bezpečnosti více, než je zdrávo. Většina řešení aktivní bezpečnosti v Linuxu se zaměřuje na detekci a eliminaci útoků ze sítě, zatímco lokálně se spíše pasivně spoléhá na systém práv, erudovanost většiny uživatelů a právě na to, že pro tak různorodé a málo rozšířené prostředí se psát nějaké breberky moc nevyplatí.