GConf používá vyjma XML také binární databázi. V XML jsou data asi proto, že si autoři netroufnou použít jen binární DB. Ne každý holt píše SW jako MS ;)
To by mě zajímalo, jaký je při odinstalaci programu prozdíl mezi Registry a konfiguráky. V Registry zbydou věci, které po sobě aplikace neodstraní. V konfigurácích je to úplně stejně. Když odinstalujete na Linuxu aplikaci X, dokonce se ani automaticky neodstraní balíčky, které si aplikace dotáhla jen pro sebe. Konfiguráky se mohou a nemusí odstranit, z profilu uživatele se pak téměř jistě neodstraní. A když nepoužíváte balíčky, je ještě hůř. Zkuste si někdy odinstalovat Oracle - zbudou po něm adresáře, v nich soubory, konfigurák/y v /etc, a kdo ví co ještě.