Ono to tam bolo v kratkosti spomenute. Prototype a Mootools nativne rozsiruju vlastnosti Javascriptu samotneho. jQuery kazdy element zapuzdruje do svojeho obalu a potom s nim pracuje.
porovnanie
Mootools
--------
[1,2,3].each(function(i, row){
});
jQuery
------
$.each([1,2,3], function(i, row){
});
Ak pracujes v cistom javascripte tak sa ti oplati skusit Mootools. Tu si mozes precitat co vsetko rozsiruje
http://docs.mootools.net/

