.msi balíčky nevyžadují setup.exe, ale podmínkou je, že na stroji musí být nainstalován Windows Installer. Setup.exe ho typicky detekuje, a případně nainstaluje či upgraduje.
Z bezpečnostního hlediska je úplně jedno, jestli vám v systému nadělá paseku setup.exe, nebo skript v msi balíčku.

