V problémech s kompatibilitou mezi verzemi vám musím dát za pravdu, je to asi největší bolák PHP. Částečně to je daň za to, že PHP vyvíjí skupina dobrovolníků s různými zájmy, ale koncepce by měla být jasně určena a ke změnám by mělo docházet s rozmyslem a po výběru definitivní varianty (aby se nestalo to, co např. se SQLite, které do PHP 5.0 bylo zakompilované a v PHP 5.1 potřebuje extenzi, navíc je ještě závislé na PDO).
Co se ostatních věcí týče, tak myslím, že to nijak nesouvisí s PHP, ale s jeho masovostí. Neboli kdyby jiný jazyk byl tak masový a každý by si myslel, že mu rozumí, vznikaly by úplně stejné problémy.
Z příkladů v české verzi dokumentace funkce mail() jsem prozatím alespoň odstranil diakritiku, na webu se to objeví po příštím vygenerování manuálu ze zdrojáků.

