Hlavním problémem zřejmě všech těchto systémů je velmi nízká míra nastavení. Společnost (či komunita) se tak musí adaptovat na to, jak daný systém funguje. Napříkad Bugzilla má předem daný workflow, který lze jen velmi málo (a nebo těžko) upravovat.
V praxi (zejména v korporátní sféře) se proto používají jiné (obvykle komerční) řešení, které se nastavují dle přání zákazníka. Dvě taková nasazení mohou být diametrálně odlišná co se týče workflow, ale také ukládanými informacemi a reportingem.
Doporučil bych se podívat také na tyto systémy:
http://www.jetbrains.com/youtrack/index.html
http://www.atlassian.com/software/jira/
