A ovladač pro Graf.kartu máte proprietární nebo ten co je v kernelu nebo i svobodný mimo jádro ?
Ne že by jsem uměl pak odpovědět ale třeba kdo používá ten samý s tou samou verzí, vám řekne víc.
Máte nějaké varování/chyby ve /var/log/Xorg0.log nebo nějakou nejasnost ve výstupu
dmesg
Ještě bych zkusil sestavit náhradní jádro pomocí genkernelu a vyzkoušet to s ním jestli budou problémy trvat, popřípadě pokud máte Windows spustit náročný benchmark na grafiku.
