Třeba v tom, že neumožňuje elegantně pracovat s různými variantami jednoho balíčku.
Když mám dva stroje, kde jeden má balíček X zkompilován s volbou A a druhý s volbou B, tak si musím potom dát hodně velký pozor, když budu chtít mezi těmi dvěma stroji nějaké balíčky sdílet (pro oba stroje je překládat někde jinde a instalovat jenom binárně apod.)
Docela se mi líbí mechanismy, které mají v tomhle směru třeba macports, i když tam taky některé věci nejsou úplně ideální.
