Jeden z vývojářů Microsoftu potvrdil, že se firma vážně zabývala implementací WebGL, ale nakonec se rozhodla technologii nepodporovat. Prý obsahuje příliš mnoho bezpečnostních rizik a jen velmi těžko by prošla bezpečnostními standardy firmy. Konkrétně je prý problémem zpřístupnění nízkoúrovňových hardwarových funkcí přímo webovým stránkám, které pak mohou ohrozit operační systém. Navíc není možné bezpečnost nijak zajistit, protože ta je závislá na kvalitě nízkoúrovňových částí systému, jako jsou třeba ovladače třetích stran. Špatně napsaný ovladač by tak skrze WebGL otevřel díru do systému. V Internet Exploreru tedy WebGL ani v budoucnu nenajdeme.