Ano, možnost přepsat otevřený soubor je celkem zásadní bezpečnostní problém. Vy totiž otevřete soubor /dir/file, někdo ho smaže, a na to místo dá jiný soubor. Vy máte ale spokojeně otevřený ten starý. Asi není třeba rozepisovat, k jakým problémům to může vést. Ve Windows se samozřejmě mód přístupu nastavuje pro každý otevřený soubor, když ho otevíráte (můžete si vybrat).
Samozřejmě nemůžete nechat běžící aplikace, aby používaly starou knihovnu. Má to dva důvody: 1) chtěl jste záplatovat systém; dokud kdokoliv používá starou verzi knihovny, není systém zazáplatovaný. 2) Může dojít k situaci, kdy některé aplikace používají nezáplatovanou verzi souboru, a jiné novou, přičemž o tom nevědí. To může vést k problémům.
Ano, Windows typicky restartují daleko rychleji, než běžná distra Linuxu. Navíc těch pár desítek vteřin nikoho nezabije. Zvláště když restart X serveru nestačí (viz co jsem psal o pár příspěvků jinde - knihovny Qt může používat i daemon nebo konzolová aplikace).

