GnuCash přímo neznám, používám KMyMoney, ale tam tohle umí taky, akorát musíte zadat výše daní a položky podle daně rozdělit na více (pod)účtů. Je s tím zpočátku víc práce, ale ta legislativa se nemění tak často. Možná by se dala najít i předpřipravená šablona (neboť to umí i šablonování) pro konkrétní stát, ale to jsem nezkoušel, pro DPH to stačí naklikat a zaměstnance nemám

