Dlouhodobý problém je v tom, že některé binárky jsou kompilovatelné/instalovatelné hned z několika balíčků, a mají odlišnou funkčnost (podpora některých přepínačů atd). Často se pak stává, že je důležité odkud daná binárka je. V distribucích jako je debian je to prostře vyřešeno tak, že se o původ dotyčného cmd nástroje stará správce distribuce.
Co se BSD týče, tak ty často mají právě BSD nástroje v /bin a pak v /usr/bin nebo /usr/local|pkg|co_ja_vim/bin nástroje GNU. Dobrá je třeba distribuce slackware, která má z důvodů kompatibility několik verzí taru zároveň. (tak tomu alespoň bylo).
A důvody ? To je jednoduché, každá distribuce / systém má nějaký svůj minimalistický základ, který je funkční. Ale to neznamená, že obsahuje standardní resp. plně použitelné nástroje. Krásným příklad může být takový sh, ash, bash atd.
