Ne všechen software v gentoo je GNU friendly. Přes portage je možné si nainstalovat třeba unreal ( binarky pro linux stahne z inetu, data nainstaluje z CD a pak staci jeste vyplnit seriove cislo) nebo acroread. U každého ebuildu je uvedená licence a v portage je k dispozici její znění, takže licenci neřeší distribuce ( jako napr. debian), ale rozhodnutí je na uživateli.
V budoucnu se objeví možnost si pomocí proměné ACCEPT_LICENSE určit, které licence má při instalaci emerge akceptovat.
