Jedna zajímavost o CA65. Jeho výstupem není spustitelný kód, ale objektový kód, který se předává Linkeru LD65. Je tak podporován tzv. oddělený překlad (separate compilation), kdy se zdrojové texty zkompilují samostatně do objektových souborů a pak slinkují do výsledné spustitelné binárky. Tak lze naplno využít utilitu make nebo něco podobného.
Je to samozřejmě dáno tím, že CA65 je dodávaný k překladači jazyka C a překladače jazyka C musí oddělený překlad podporovat.