Vtip je v tom, že v Ubuntu 20.04 je gnome-software nainštalovaný cez snap a nie cez apt. Snap-ová verzia nepodporuje pluginy, len natvrdo snap+apt, takže žiadna podpora flatpaku nehrozí. Treba pekne najprv odinštalovať snapovú verziu, nainštalovať apt verziu a do nej nainštalovať flatpak plugin.
No čo by Canonical neurobil pre pohodlie používateľov, však áno.