Skvělé parsery, které parsují skoro každou blbinu a lze je přetvořit, prostě přesně to, co hledáte, má HomeSite. Bohužel pro vás jen pod Windows a bohužel pro všechny už se nevyvíjí.
Jinak PHP a HTML ještě jo, ale CSS a JavaScript byste už měl vyndat do zvláštních souborů. Má to více výhod - např. cache atd.