Ano, je to tak - analogRead() a analogWrite() jsou dvě naprosto odlišné věci používající odlišné piny procesoru zcela odlišným způsobem.
Piny s PWM funkcí (na které jde zavolat analogWrite na Arduinu Uno) jsou D3, D5, D6, D9, D10 a D11, přičemž vždy ve dvojici používají některý z tří časovačů, což je důležité vědět, pokud ten který časovač potřebujete na jiný účel - pak obvykle dva z té šestice PWM pinů přestanou fungovat.