Zdar Jirko,
to je problém hlavně komerčních projektů, například her, kde je jádro v céčku a Lua tam je pro uživatelské skripty, logiku AI atd. atd. Mě osobně vyhovuje přesně opačné řešení (které píšeš), tj. naprgat hlavní aplikaci přímo v Lua, použít LuaJIT a dosáhnout tak velmi uspokojivého výkonu a přes FFI volat nativní knihovny (OpenGL, SDL, glibc atd. atd.).