Používej co chceš, ale jednou ten přechod stejně udělat budeš muset. Přechod většiny linuxových dister na utf8 je jedna z nejlepších věcí, co mě za poslední roky potkala. Diakritiku v názvech souborů nepoužívám, protože se to má tendenci pomrvit při výměně dat s Windows (přestože NTFS má vnitřně taky unicode).