Ano, Oracle používá stejný instalátor všude. Pokud už mají instalátor který funguje na všech Unixech, tak ho prostě použijí i na Windows.
Pokud chcete instalaci v GUI a s nastavováním řady options, jak jinak než Javou byste to řešil?
Na Linuxu byste měl provést překlad na konkrétní verzi konkrétního distra, protože jinak sice máte balíček, ale ten na cílovém distru jaksi nemusí fungovat. U ostatních Unixů je to ještě další boj. Ve srovnání s tím mi Windows Installer připadá pro vývojáře jako dost dobré řešení.