Odpověď je že umí. Popsal jsem vám jak můžete aplikaci šířit s komponentami typu .NET Framework nebo DirectX. Samozřejmě můžete v rámci setupu také detekovat jestli je k dispozici řekněme Ghostscript a případně ho nainstalovat. O aktualizace se vám opět může postarat setup package, třeba InstallShield.
Windows se nedostal "na úroveň" deb/rpm repozitářů, protože požadavky byly úplně jiné. Setup aplikace by měl obsahovat ideálně rozdíl mezi čistým systémem a nainstalovanou aplikací. Pokud aplikace táhne něco velikého typu .NET Framework, tak se to řeší jak jsem popisoval.
Pokud jde o Flatpak, Snap a AppImage, tak to je prakticky obšlehnutý koncept aplikací z Apple AppStore, Windows Store atd.