VPN ve Windows nepotřebuje práva administrátora, a nemusí se instalovat. Takže není důvod tunelovat. Na Unixech prakticky musíte tunelovat X11, protože je tak nebezpečné a nepraktické, že se jinak vzdáleně používat prakticky nedá. Opět mi uniká důvod tunelovat cokoliv jiného.
Ad CIFS tunelovat jednoduše nelze - jak jsem psal, přes VPN. A pokud potřebujete pracovat soubory interaktivně (včetně kopírování mezi lokálním desktopem a serverem), tak to lze udělat v RDP session. Plus jako alternativu pro CIFS můžete použít WebDAV.
Ad X server je příšerná technologie... souhlas, ale chlape, opakuje te - to protože je to tak moc příšerná technologie :)
Ad co NX nebo X2Go? Srovnání s RDP? - nezkoušel jsem ani jedno. Četl jsem kdysi srovnání od autorů NX, kde srovnávali novou verzi svého produktu s mnoho let starým RDP, a prý NX vedlo dobře :). Minimálně je problémem nutnost instalace. Ve Windows máme RDP na každém stroji, takže je připojení k jinému stroji s Windows jednodušší než na Linuxu otevřít ssh session.