Já myslím, že o tomto píše přímo manuál MySQL (mimochodem první co čtu, když chci stavět něco nad nějakou databází jsou kapitoly o optimalizaci):
In some versions of GNU/Linux and Unix, flushing files to disk with the Unix fsync() and other similar methods is surprisingly slow. The default method InnoDB uses is the fsync() function. If you are not satisfied with the database write performance, you might try setting innodb_flush_method in my.cnf to O_DSYNC, although O_DSYNC seems to be slower on most systems