Názor k článku Nástroje pro porovnání obsahu tří různých verzí textových souborů od Vojta_ - Podporované binární formáty jsou pouze obrázky a word...

Podporované binární formáty jsou pouze obrázky a word dokumenty, zip neumí.
Utf-8 to má by default, teda aspoň u mne v macOS. Každopádně v menu si to umíš přepnout (File->Character Encoding).
Co se týče XML netuším co řešíš, prostě to porovnává textově, maximálně umí relaxnout whitespaces. Když přehodíš pořadí atributů v xml tagu u dvou souborů, tak jasně že ukáže rozdíl.