"Tabulka" sloupcové databáze je tvořena pouze indexy, pro každý sloupec jeden. Z toho vyplývají výhody rychlých SELECT nad jedním sloupcem, ale také nevýhody, například velmi pomalý insert/update/delete. Dnešní slušná SQL databáze umí mnoho operací provést pouze nad indexem také.
A opět tradičně se tvůrci MonetDB vykašlali na pokročilou správu paměti, takže i kdyby to nakrásně bylo rychlé, stejně se to obtížně nasadí do produkce.