No, tak pokud půjdeš cestou že balíček obsahuje všechny závislosti tak ten problém nemáš :-)
Od Gentoo jsem po roce nebo dvou odešel, právě kvůli občasnému rozbíjení při upgradu, kde spravit to potřebovalo překompilovávat (revdep-rebuild apod.). Teď přes dva roky používám NixOS, kde flexibilita je ještě větší, závislosti jsou řešeny mnohem čistěji a jde se velmi snadno vracet k předchozím konfiguracím systému (už v GRUBu, pokud se něco pokazí ;-).