Ty LEDky jsou tady https://github.com/torvalds/linux/blob/master/sound/usb/mixer_quirks.c#L378 . Volume si tipuji na softvol, který bývá pro karty bez master volume definovaný automaticky pro device default (ale v /usr/share/alsa jsem to nenašel). Když něco otevře default, pro zvukovku se vyrobí softvol control Master Volume. Ovšem když použiješ přímé zařízení "hw:0" (což zřejmě otevírá pulseaudio), softvol v řetězci není a nemá na to žádný vliv. To bude ono.
Ohledně toho praskání - zkoušel jsi vypnout to časované scheduling přes tsched=0 https://askubuntu.com/a/329336 ? Pořád si myslím, že je problém v časování. Vypnutí by mohlo pomoci. Chtělo by to zapnout xrun_debug a podívat se, zda k nim nedochází https://www.kernel.org/doc/html/v4.11/sound/designs/procfile.html