To se dělá v ggplot úplně snadno - mám nějaké body (X,Y) a ty typicky stačí vykreslit s nějakou průhledností. Někdy se hodí třeba i různá průhlednost jako Z. To jde taky snadno - ggplot je silný právě v tom mapování dat na vlastnosti. Přijde mi to principielně podobné D3.