ad 1) no na správu balíčků je v celku jedno, co používáte. Nejjednodušší je používat Yast2 GUI (v TUI je to totéž). Pak se dá přepnout na zobrazení balíčků dle jednotlivých repozitářů (View - Repositories), kde už si člověm může vybrat, jestli chce zobrazit v dané repozitář jenom Updaty (Secondary filter: Installation summary. Show packages with status [V] Update). Nevím, jestli tohle je to, co potřebuješ. Ale v podstatě na správu můžeš používat jak yast, tak zypper. Stejně to ve finále zpracovává PackageKit. (Ověříš to tak, že nejde spustit zaráz yast a nějaká operace v zypperu)