Co se týče konfigurací programů, tak je sice pravda, že spousta jich to dělá tak, že má něco typu .program přímo v domovském adresáři. Nevím ale, jestli je to úplně ideální způsob - je tam pak kvůli tomu trošku nepřehledně - i když ty soubory a adresáře jsou skryté.
Jsou tu snahy udělat v tom trochu pořádek - například adresář .config. GConf mi přijde jako jedna z takových snah. Berte to jako by to byl adresář ".gnome". Pořád lepší, když aplikace z Gnome budou své nastavení dávat do jednoho adresáře, než abych měl v domovském adresáři .nautilus, .rhythmbox, .gnome-panel, .gnome-session etc.
Gnome k tomu navíc poskytuje nástroje, jak tato nastavení spravovat - ať už z příkazové řádky, tak i zmíněný GUI editor. A samozřejmě pak nástroje přímo pro vývojáře aplikací.
Ad Grub - taky jsem nejdříve na konfigurační soubory Grub 2 koukal jak vejr, ale přečetl jsem si k tomu nějaký turoriál či článek a rázem bylo jasně. Jakmile člověk pochopí smysl, tak je to v pohodě...
Hlavním důvodem změny byly distribuce - aby bylo možné konfiguraci Grubu upravovat z různých skriptů - když třeba balíčkovací systém nainstaluje nové jádro. Bohužel, některé distribuce nemají systém těchto skriptů moc přehledný - ale zase většina uživatelů se tím ani nemusí moc zabývat...
A když to někomu hodně vadí, v některých distribucích by měl být i balíček grub-legacy, kde je verze 0.9...