Při upgradu jakéhokoli netriviálního a důležitého softwaru (např. SŘBD) si máš přečíst poznámky k vydání – v případě nekompatibilních změn tam budeš mít napsáno, co máš vypnout a následně zapnout případně že máš udělat dump a pak ho natáhnout zpátky (v případě hodně velkého skoku mezi verzemi) nebo zkonvertovat datové soubory pomocí nějakého nástroje.
V GNU/linuxových distribucích se o ten restart služby postará balíčkovací systém během upgradu.
Pokud jde jen o aktualizace, tak tam k nekompatibilním změnám nedochází.
Co se týče nedůležitých uživatelských aplikací typu WWW prohlížeč – např. u Firefoxu ti po upgradu balíčku vyskočí hláška, že byl aktualizován a že ho máš vypnout a zapnout. Můžeš si dodělat svoji práci (třeba dopsat komentář na Root.cz) a pak v klidu, když se ti to hodí, restartovat prohlížeč.