Nevím, jestli to pomůže, ale tady je jedna rada http://www.linux-usb.org/USB-guide/x194.html (až za popisem konfigurace myši). Ale AFAIK mě jsou takhle nastaveny všechny běžné uživatelské distribuce, takže si možná nepolepšíte :-( Pokud dmesg píše podobné hlášky jako jsou ty v článku, tak je problém už na nejnižší úrovni USB protokolu.
Mimochodem, u mě se taky jednalo o nějaký čipset VIA Apollo, ale zrovna tam mi USB klávesnice i USB myš chodí bez problémů, dokonce i na postarších jádrech 2.2.x.