Registry jsou robusní, takže tenhle mechanismus zpravidla není potřeba. Vaše Windows nejspíš nestartovaly z úplně jiného důvodu. A samozřejmě v naprosté většině případů existuje způsob, jak systém znovu rozchodit. Jenom byste musel alespoň tušit, jak to funguje.
A nepoužitou větev Registry snad někdo načítá do paměti, nebo dokonce prohledává? Seznamte se ve volném čase se stromovými strukturami. Pak se můžete podívat i na časovou složitost hledání hodnot ve stromu, tj. O(log n) a srovnat to s časovou složitostí hledání v konfiguráku, tj. O(n). Nakonec to je jeden z důvodů existence GSettings a GConf, které hodnoty binárně indexují. Z podobného důvodu rpm ukládá hodnoty do databáze (Berkeley DB). AIX dokonce používá Object Data Manager, který je prakticky obdobou Registry. A používání konfiguráků považují autoři OpenOffice za jeden z důvodů, proč jim aplikace startují tak dlouho. Už je to jasnější?
http://en.wikipedia.org/wiki/Time_complexity#Table_of_common_time_complexities
http://en.wikipedia.org/wiki/GConf
http://developer.gnome.org/gio/stable/GSettings.html
http://en.wikipedia.org/wiki/RPM_Package_Manager#Local_RPM_installation_database
http://en.wikipedia.org/wiki/Object_Data_Manager
http://wiki.services.openoffice.org/wiki/Performance/Configuration