Tohle nemám nikde podloženo, ale patrně je důvodem rychlost. Centrum Software je opravdu velký kus software a startuje dosti pomalu, něco kolem 10s. Správce aktualizací je zase dosti lehká aplikace a vyskakuje často po spuštění a ihned update balíčky, proto je potřeba aby byla jednoduchá a rychlá. Právě tyto důvody asi zabránily jejich spojení, což si myslím, že je dobře.
Nevím o které GUI aplikaci se bavíme, pokud spustíš správce aktualizací, tak ten ihned po spuštění aktualizace seznamy a tedy instaluje ty nejnovější. Centrum Software nic neaktualizuje, tedy instaluje pouze ty verze, které máš v aktuální cache.