„JSignPdf Quick Start Guide“ je součástí instalačního balíčku (docs/JSignPdf.pdf)
Na Windows používám k podepisování i certifikát na kartě (přes WINDOWS_MY keystore), v linuxu jsem zatím nezkoušel, ale podle toho co se píše v Java dokumentaci by to mohlo fungovat s keystorem PKCS11, cesta k úložišti se nechá prázdná a heslo úložiště bude PIN.
http://java.sun.com/javase/6/docs/technotes/guides/security/p11guide.html