Na editaci textu potřebujete textový editor, na editaci XML potřebujete XML editor, na editaci konfigurační DB zase asi editor konfigurační DB. Nevidím to jako zvláštní nevýhodu.
Binární strukturu lze samozřejmě také opravovat. Viz běžné DB, viz fsck. Možnost porušení binárních struktur existuje i na vlastním FS, ale není to důvod kvůli tomu FS zavrhovat. Navíc se podívejte na existující implementaci. Ve Windows k problémům s poškozením konfigurační DB prakticky vůbec nedochází (nebavíme se o hodnotách v té DB), a navíc je vždy udržována Last Known Good Configuration.
Registry samozřejmě lze zálohovat, umí to i backup vestavěný ve Windows. A které aplikace ukládají do registry thumbnails?