To je stary 'problem', ktory som prvykrat okusil uz na XFS.
Riesenie je jednoduche a imho jedine, /home, /etc a podobne adresare s vyssou frekvenciou zmien suborov ext2/ext3. Na datove adresare XFS/ext4 atd...
Mozete mat crash proof filesystem alebo rychly journal filesystem, oboje asi tazko. Iba tak hodit journal na nejaky SRAM.
Tam se nabízí otázka, proč nemít jeden FS, který se dá rozumně používat.
Na Linuxu i ve Windows je možné při otevírání souboru specifikovat write-through flag (O_FSYNC resp. FILE_FLAG_WRITE_THROUGH). Pak by neměla probíhat delayed allocation, a data by měla být zapsána na disk před návratem z příslušného volání. Otázka je, jestli to tak s Ext4 opravdu funguje. S ohledem na "kvality" Linuxu bych na to nesázel.