Hlavní rozdíl je v tom, že pokud takovou vlastnost nechceš, tak si jádro překompiluješ bez té vlastnosti, protože kernel je OpenSource.
Naproti tomu podpis bootloaderu kontroluje BIOS a k tomu zdrojové kódy v 99,99% procent případů nejsou a pokud možnost vypnutí není přímo v BIOSu tak máš smůlu.