To ovšem uživatel checkinstall uvidí až po odinstalovaní nebo přechodu na novou verzi, a pak bude tvrdit, že mu balík z distribuce rozbil počítač.
Tip: Stačí se podívat do seznamu souborů: Pokud tam je soubor "%gconf-tree.xml", přijdou problémy. Pokud ne, (pro tentokrát) použití checkinstall (možná) prošlo. Pokud ano, balíček při aktualizaci nebo smazání poškodí GConf databázi, s následkem nefunkčního GNOME.