Zrovna u mainboardu notebooku má ten flash minimum šancí neprojít. V instrukcích bývá psáno, že máte mít plnou baterii, takže vás netrápí výpadek proudu. Nesprávný firmware nezapíšete, protože to utilita ověřuje. Po flashi se provádí ověřovací čtení.
Samozřejmě pokud vám omylem ten firmware přepíše nějaký linuxový driver :), tak máte smůlu. A když vzácně mainboard má nějakou recovery option, tak to stejně nebývá nic pro uživatele:
http://support.lenovo.com/en_US/research/hints-or-tips/detail.page?&LegacyDocID=MIGR-45385