Někdo zde zmínil rope, což je dobrá odpověď na vaši otázku. Chytré vyhledávání, navigace a autodoplňování jsou podle mojich zkušeností na stejné úrovni nebo lepší než v jiných IDE. Jedi má dohromady určitě víc uživatelů než PyCharm a stále se vyvíjí. Pro refaktoring c/c++ existuje sematic-refactor, případně pokoročilejší řešení jako rtags (nezkoušel jsem). Pokud si myslíte, že "velká IDE" mají něco navíc, tak napište co a nerozdávejte minusy. Rád se poučím.