Konfigurace přes klikací nástroje svatokrádež je z toho důvodu, že až ti něco přestane fungovat, tak na to budeš koukat jak vyoraná myš a nebudeš mít sebemenší potuchu, co se stalo a jak to opravit.
Ve Windows to samé, pokud je spravuješ profesionálně, taky se dřív nebo později setkáš se situací, kdy ti klikátko nebude stačit a budeš potřebovat změnit registry (a registry jsou ještě hůř dokumentované než ty textové konfigurační soubory). Takže na tom wokna nejsou líp než *nix. Jen líp na první pohled vypadají.