Algoritmus IF je zhruba takový:
1. Vyberou se nějaké časopisy
2. Z nich se vyhodnotí citace a nejčastěji citované časopisy se přiřadí k databázi
3. Postup 2 se opakuje v několika iteracích
4. Z počtu citací v jiných časopisech / zachycených pracech se počítá IF
Je jasné, že výsledek silně ovlivňují body 1 a 3 (=počet iterací), a že se to dá ovlivňovat i jinak.
Z těch ovlivnění potom plynou nedostatky IF (preference některých oborů, některých zemí a velmi silná preference angličtiny).
Faktem je, že by se dal vytvořit systém daleko objektivnější, byť používající stejného či podobného algoritmu. Stačilo by v úvodu nabrat proporčně časopisy z různých zemí i oborů (a různojazyčně) a udělat dostatečný počet iterací.