"Ideálne by webroot mal byť v nejakom podadresári."
Presne tak ale i to reseni se jim nelibilo.
"tie by asi ale aj tak nemuseli byť v gite, nie?"
Taktez. Konfiguraky by mely byt v .gitignore a nahravany jednou rucne. Tedy minimalne ty ktere obsahuji pristupove udaje(k cemukoliv).