Vzhledem k tomu, že aplikace běžící ve Wine byly pravděpodobně primárně určeny pro Windows, a teprve ve druhé řadě autoři možná někdy i řešili kompatibilitu s Wine, lze čekat, že aplikace pod Windows obvykle poběží lépe než ve Wine. Samozřejmě mohou existovat výjimky, hádám, že půjde spíše o staré aplikace netestované s aktuální verzí Windows…